Më 7 tetor të vitit 1998, John McCain, e kishte theksuar se administrata e Clinton po e mashtron Kongresin Amerikan për gjendjen në Kosovë. Sipas një artikulli të publikuar në atë kohë në CNN, McCain kishte akuzuar presidentin e atëhershëm Bill Clinton se po e mashtron Kongresin lidhur me përfshirjen e SHBA’së në Kosovë. “Ata nuk kanë të bëjnë asgjë me popullin amerikan ose me Kongresin, presidenti duhet t’i shpjegojë interesat tona atje” – kishte thënë McCain në vitin 1998, në kohën kur filloi konflikti në Kosovë. Mirëpo, një vit më vonë, senatori McCain kishte mbështetur dërgimin e trupave amerikane në Kosovë.
Gazeta Express ka përmbledhur deklaratat e senatorit John McCain që i bëri para dhe pas bombardimeve të NATO’s në vitin 1999.
“Ne jemi fuqi superiore, dhe ne duhet të fitojmë këtë konflikt me çfarëdo çmimi”, ka thënë McCain duke folur në lidhje me konfliktin në Kosovë. Këtë deklaratë senatori McCain e ka thënë më 28 mars të vitit 1999.
Në po të njëjtën deklaratë, senatori McCain, pati deklaruar se strategjia në Kosovë, kishte prioritet mbajtjen e sigurt të trupave amerikane të dërguara në Kosovë.
“… të gjithë ne do të pikëllohemi nëse humbim një amerikan atje, por siç po shihet, qëllimi juaj kryesor nuk mund të jetë vetëm siguria e forcave tona, por duhet të jetë arritja e qëllimeve tuaja strategjike dhe taktike”, kishte thënë McCain për median amerikane ABC Neës.
Në vitin 1999, McCain kishte votuar për përfshirjen e trupave në Jugosllavi, mirëpo ishte kundër nocionit (vrasje), të cilën e kishte autorizuar presidenti i atëhershëm “përdorni të gjitha forcat e nevojshme dhe mjetet e tjera” në bashkëpunim me aleatët e SHBA’së, për të përmbushur objektivat e SHBA’së dhe NATO’s në Jugosllavi.
Senatori John McCain në mënyrë rutinore thoshte se i preferonte trupat tokësore më shumë se trupat ajrore për të kryer sulmet në Kosovë. Ai iu kishte referuar sulmeve ajrore si “gjysmë-masa ushtarake”. Këtë deklaratë McCain e kishte thënë për Arizona Republic, më 1 mars 2007.
John McCain fitoi rizgjedhjen edhe për një mandat të Senatit në nëntor të vitit 1998.
Në shkurt të vitit 1999, edhe pse McCain votoi për të nisur fushata e bombardimeve të NATO’s kundër Republikës Federale të Jugosllavisë, në të njëjtën kohë ai akuzoi presidentin e atëhershëm Bill Clinton se po jep dëshmi të rreme dhe ka shkelur betimin e tij të detyrës.
